Saiu no InfoQ um ótimo tutorial sobre como fazer testes unitários de arquivos XML utilizando o framework XMLUNit.
Por mais estranho que possa parecer, fazer testes unitários de arquivos XML não é tão simples quando parece, você não pode simplesmente comparar dois “arquivos” simplesmente pelos seus conteúdos em bytes, mas sim pelas suas representações de dados e é nesse tipo de coisa que o XMLUNit é uma mão na roda.
Tutorial: Unit-Testing XML