Preciso limpar algumas tabelas do banco de dados em tempo muito curto pois utilizo o pqxx e ele não suporta execuções com alto custo de tempo, como otimizar essa limpeza?
http://www.postgresql.org/docs/8.1/static/sql-truncate.html
Você quer limpar completamente a tabela, certo?
O TRUNCATE simples está demorando muito.
verifica na aplicação do banco de dados se não existe alguma operação que coleta os garbages. Em postgresql, mysql e firebird sei que existe.