Vejo que os dois definem propriedades como a url do DS, senha usuário driver e coisas assim, afinal, qual a diferença ?
O application.properties é do spring. O fato de vc fornecer os dados de conexão nele é pq o spring abstrai o JPA através do Spring Data.
Agora se vc não usa spring e for configurar o JPA no seu projeto, vc vai usar o persistence.xml.
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