Problemas de enconding

Estou usando linux para programar em uma máquina e nesta fica a versão beta do aplicativo e nesta máquina eu consigo implementar uma classe que achei aqui no guj para tirar todos os caracters especiais de uma string.
Sendo que quando coloco o mesmo aplicativo na máquina de produção da erro na classe que faz a troca dos caracteres. Parece que a jvm não reconhece os caracters e quando vou incluir na classe os caracteres especiais aparecem errados.
Isso é um erro de configuração do linux? Ou um erro de configuração da JVM?

Olá,
Seu programa esta em que plataforma,WEB ou DESKTOP??
Se for WEB, verifique lá as primeiras linha da sua jsp se esta assim:
<%@ page language="java" contentType="text/html; charset=ISO-8859-1" pageEncoding="ISO-8859-1"%>

 e também dentro das tag's <html> deve esta assim:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

Espero ter ajudado
Flwsss

Aumeitei o log da minha aplicação e vi que o erro ocorre quando eu pego os dados do arquivo.
A minha aplicação funciona desta maneira, eu leio um arquivo que é gerado diarimente e para ler este arquivo eu uso o método readByte, fazendo um casting para char, acho que o erro pode estar ai, alguém tem alguma idéia?