Consegui resolver, irei postar para poder ajudar os demais.
1º - Alterar a base de dados (MySQL) para o Collation latin1_general_ci e respectivamente suas tabelas.
2º - Voltar para a IDE (Eclipse no meu caso) clicar com o botão direito e em propriedades do projeto > resources > text file encoding modificar para ISO-8859-1, antes estava UTF-8.
3º - Mesmo alterando o projeto para o encoding ISO-8859-1, tive que colocar cada página para salvar como ISO-8859-1, clicando com o botão direito properties > resources > text file encoding, antes estava UTF-8 também.(Após esta modificação os caracteres podem ficar alterados, você terá que ajustar manualmente os acentos novamente)
4º - Como estou utilizando Facelets, no inicio da página template(página principal do facelets), coloquei o encoding via código xml então ficou assim:
[code]<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>
[/code]
5º - As páginas que importaram a página template também coloquei o código xml de encoding, não testei sem este código mas quem quiser testar e postar o resultado fique a vontade.
[code]<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>
<ui:composition template="/pages/layout.xhtml"
xmlns=“http://www.w3.org/1999/xhtml”
xmlns:ui=“http://java.sun.com/jsf/facelets”
xmlns:h=“http://java.sun.com/jsf/html”
xmlns:f=“http://java.sun.com/jsf/core”
xmlns:p=“http://primefaces.org/ui”> [/code]
No meu caso foi suficiente realizar estas operações, creio que o problema possa até ir mais além a nível de Sistema Operacional. Demorei bastante para resolver este pequeno problema, pois como vocês podem ver não depende apenas da aplicação, e sim da base, tabelas, páginas e etc.
Obrigado.