Problema ao executar Sistema depois de construído (limpar e construir)

Estou desenvolvendo um sistema desktop, durante a compilação normal em desenvolvimento ele roda beleza, mas quando eu construo a aplicação final (limpar e construir) e executo, ela abre normal, mas só a tela principal, as janelas não abrem, eu uso o jDesktopPane.

Consegui capturar o erro, ela não consegue achar o arquivo de configurações

FileInputStream file = new FileInputStream("./dados.properties");

esse arquivo está na raiz do projeto, depois que constrói ele não acha, mesmo eu jogando o arquivo no dist.

Alguma sugestão?