Num sei, eu, pessoalmente, rodo as aplicações usando o Jetty que vem com o Maven 2, mas uso o WTP pra editar páginas JSP e HTML, fica mais simples do que instalar uma dúzia e meia de plugins diferentes.
O WTP 1.0.1 tá muito mais rápido que o 1.0. Gostei bastante.
Quanto ao deployables, ele nào usa esse diretório desde antes da versão 1.0… agora ele joga tudo em [workspace]/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0/webapps