Valew mesmo! Mas, a solução foi trazer de volta um Backup que eu tinha e estou refazendo os processos a partir da data do Backup.
O que aconteceu foi o seguinte:
O sistema faz a leitura de um “Arquivo Retorno Bancário” e o transforma em tabelas para posteriores consultas sobre a produção dos Pontos Agências. Durante esse processo, o sistema (que funciona distribuído) gerou uma exceção de (não me lembro bem) “Tempo esgotado de não sei o que”, e a partir disso nada no banco de dados funcionava. Acho que isso deve ter causado algum tipo de dano na Base de Dados.
A princípio cheguei a pensar que tinha estourado a capacidade de registros do MySQL pois nossa Base de Dados cresce uma média de 2.5Mb por dia.
A propósito, alguem sabe qual é a capacidade de registros e tabelas do MySQL?