Manipulação de XLS

Olá pessoal,

Estou com um projeto de um software com a seguinte finalidade:

O Software vai receber um arquivo .xls, manipular alguns dados lá dentro, Ex.: Pegar colunas especificas, realizar um calculo, criar uma nova coluna para armazenar o resultado. Feito isso, o sistema devolve o .xls “novo” pro usuário.

Esses arquivos .xls terão milhões de linhas, mais de 100MB por arquivo.

Estou em dúvida sobre qual tecnologia utilizar. Nunca trabalhei com manipulação de arquivos nesse nível.
O que vocês me sugerem ?

Eu trabalho bastante com Excel.

Utilizo a biblioteca Apache POI.

Boa tarde

Dê uma olhada na API JExcelApi, sempre que preciso manipular planilhas Excel uso ela.

http://www.oficinadanet.com.br/artigo/java/lendo_planilhas_excel_com_java
http://jexcelapi.sourceforge.net/
http://www.andykhan.com/jexcelapi/tutorial.html

Flw.