log4j não faz o log

Pessoal,
tenho um aplicatico que inicializa junto com a máquina no Linux.
Se eu rodo ele manualmente ele faz o log normal, mas se eu deixo ele pra começar junto com o SO ele não funciona. Algué, já viu algo parecido?

Victor, como você starta a aplicação junto com o SO ? é uma aplicação web ?

É um programa que fica rodando o tempo todo. Como é em linux, eu coloquei um arquivo dentro do /etc/init.d/execprog.

Descobri o que era. Fiz algum comando maluco aqui que ele me falou que o programa não estava tendo acesso aos arquivos de log. Esse lance de acesso no linux é um saco.