Ler e-mail e deixando ele formatado corretamente usando java

Bom dia. Estou desenvolvendo uma aplicação que terá que ler e-mails de uma caixa de entrada para coletar automaticamente algumas informações.

No programa, estou usando a classe BodyPart, porém esta tem somente o método getInputStream(), que leio e salvo em um arquivo e salva totalmente desconfigurado devido a codificação.

Existe um meio de decodificar o e-mail e deixá-lo em um formato mais legível?

Obrigada.