Cara estou postando em anexo um projeto do NetBeans que faz a leitura da porta COM.
Com essa leitura ele imprime na tela e gera um arquivo texto também.
Dá uma olhada, qualquer coisa me avisa.
P.S.: é preciso ter a API RXTX instalada no Windows.
A API RXTX serve para a comunicação serial (escrita e leitura) e para comunicação paralela (escrita e leitura), para a comunicação paralela temos algumas restrições.
Eu já utilizo para comunicação serial há alguns meses, funciona muito bem. Recebo dados de balança e envio para um impressor serial.
Visite o site www.rxtx.org lá vc pode baixar a RXTX (para Linux e Windows) e também encontrar informações para a instalação.