Suponha que eu tenha criado MeuPrograma.java no Bloco de Notas, como eu posso estar abrindo este MeuPrograma.java no Eclipse ? Isso é possível ?
Você tera que criar um novo projeto no Eclipse, caso você já tenha um projeto criado correspondente a essa classe .java não será preciso criar projeto. Logo depois vc clica com o botão direito em cima do projeto e coloca importar, ai terá uma opção arquivos ai vc clica e mostra em que pasta o seu arquivo está.
A resposta do Rafael é boa, mas não me dei bem com a opção importar, as vezes os pacotes ficam meio confusos, eu prefiro criar um novo projeto e depois copiar e colar os arquivos, pelo menos no windows dá certo, copia direto no eclipse como se fosse o windows explorer. do eclipse pro explorer é a mesma coisa, é bem útil às vezes.