No MYSQL versão 5.7 o engine InnoDB ainda consome muito mais espaço em disco que o engine MyISAM?
Não dá pra ganhar sempre. Normalmente ganha-se de um lado e perde-se do outro.
Todo mundo quer um banco de dados leve, rapido, seguro, economico e por ai vai.
Já deu uma olhada na politica do NOSQL em especial os de Grafo ?
Bons projetos.