Dúvida padrão MVC

Tenho lido informação sobre o padrão MVC

Entendi o básico:
Model - trata a regra de negócio, validações, etc
Controller - faz o meio de campo entre a view e o Model
View - recebe os dados de entrada e mostra os dados de saída. (no meu caso a view é uma app flex que consome os dados do controller via remoteobject)

Minha dúvida seria sobre onde vão os Bean, DAO etc.

Outra questão que surgiu apontada por um colega que esta na faculdade de ciência da computação é sobre orientação a objeto, nesse caso a ideia seria que cada objeto tivesse suas características e métodos, e isso vai contra a maioria dos exemplos que tenho visto porque seguindo a premissa o DAO ficaria dentro do BEAN assim o modelo usaria um metodo exemplo cliente.salvar() dando a responsabilidade de salvar ao próprio bean ao contrário do metodo clienteDAO.salvar(cliente) que é utilizado inclusive em exemplos da propria caelum.

Se alguém puder esclarecer fico agradecido.

Olá Ezequiel, tem você tem certeza que entendeu o que é um Bean (Você se refere aos Java Beans, ou POJOs né?) ?

Aqui tem alguns links -> http://pt.wikipedia.org/wiki/JavaBeans
http://pt.wikipedia.org/wiki/Plain_Old_Java_Objects

Os JavaBeans, devem ficar na camada Modelo do MVC, os ManagedBeans do JSF (ou outro framework) no Controller, e o XHTML na View.

Espero ter ajudado, qualquer dúvida coloca ai.

Até mais.

o Bean ao qual eu me refiro é citado como pojo nesse caso.