Duvida na modelagem do sistema

Pessoal estou com uma duvida em relação a modelagem.

Por exemplo eu tenho a tabela A e a tabela B, eu faço o mapeamento das duas (estou usando JPA na minha aplicação), porém eu só manipulo essas tabelas ao mesmo tempo, como se uma fosse complemento da outra.

A questão é, fica “errado” eu criar uma outra classe para utilizar essas duas classes?

A modelagem é flexível. Você está olhando para uma coisa querendo ver outra.
Quando você pensa em mapeamento objeto relacional, deve ter em mente uma estrutura distinta da outra. Ou seja, você até pode ter um banco de dados com 10 tabelas e apenas uma classe que as utilize.
Por outro lado, pode ter o contrário. 10 classes que utilizam apenas uma tabela.
Agora, se esta classe irá ou não comprometer a estrutura da análise, de acordo com o modelo de desenvolvimento que você está utilizando ou mesmo com as demais classes do design, é outra história.