Dúvida MongoDB (Java)

Olá, estou utilizando o MongoDB como banco de dados e tenho uma dúvida, caso eu queira alterar diversos valores de um documento, é melhor apagar o antigo e inserir um novo documento, ou atualizar os valores um por um?

Depende, tem algum interesse em manter os dados antigos? Se não, atualiza os valores de um por um mesmo.

por exemplo, eu tenho la:

NOME, CPF, RG e DATA DE NASC
por um acaso, eu quero mudas os 3 valores(menos o nome), é melhor, remover e adicionar o novo com todos valores certos, ou mudar os 3 um por um?

é que há um trabalho a mais removendo e adicionando, já atualizar com os dados novos não exige tanto do banco.

Tecnicamente falando, é quase impossível você alterar, ao mesmo tempo, RG, CPF e data de nascimento. Se estes dados forma cadastrados erroneamente, teu sistema está com vulnerabilidades gigantescas.
Mas, se vier a ocorrer, sim, você deve atualizar.