Dúvida de métodos para gerar JAR

Olá para todos!

Mais uma vez venho aqui trazer uma dúvida em relação a exportar um projeto/jar.

Minha dúvida é a seguinte:

Quando for exportar um projeto para JAR, o que vem a ser a melhor prática, enviar as “libs” fora do JAR, tendo toda um estrutura de pastas fora do executável(jar), ou enviar tudo empacotado dentro?

Nesses casos quais alterações, ou no que implica em relação a variável de Ambiente CLASSPATH e o Manifest.MF?

E aproveitando…a declaração Class-Path no manifest.fm, seria a mesma coisa que a variável de ambiente classpath?
Me surgiu essa dúvida mesmo lendo alguns artigos…

Bom, espero num estar incomodando,

Agradeço desde já,

Abraço.