Download de PDF's e tomcat

Boa tarde senhores,

Tenho uma serie de arquivos que ao ser clicado no link deve abrir em uma nova aba do navegador.

Basicamente a minha duvida entra neste ponto.
Tenho montado a pagina e etc.
Mais não sei onde colocar os arquivos ?

Devem estar dentro da pasta do projeto ? No meu caso estou usando o mesmo dentro do eclipse.
A minha divida e tenho que colocar os arquivo em um pasta dentro do projeto ?
Se sim, como monto o link ?
se não, como funciona o direcionamento ao arquivo.

Vale lembrar que está sistema como os arquivos serão acessados externamente e no cliente o tomcat está instalado no servidor.

desde já agradeço

Uma pergunta antes, estes arquivos são públicos ou o usuário tem que autenticar antes de ter acesso a eles?

Para visualizar o usuario deve autenticar no meu sistema, após isso ele pode ver o arquivo sem problemas, contando que ele tenha acesso ao nivel de arquivo.

Ou seja, ele que logar no sistema para ver.