De uma olhada nas configurações do programa onde ele está procurando o SDK, geralmente ao atualizar ele cria outra pasta referente a versão do sdk instalada.
Por exemplo “jre1.6.0_05” ou “jre1.6.0_03”.
Srs.,
Descobri atrvés de um forum de uma universidade americana que o Dr. Java tem um certa inconsistencia com JDK 6 uptade 5, sendo assim, apenas removi a atualização e tudo voltou ao norma.