Deploy de aplicação web Tomcat

Boa tarde pessoal!
Quando eu faço deploy de uma aplicação web no Tomcat, o arquivo applicationContext.xml do Spring está sendo substituído, desconfigurando as propriedades de acesso ao banco de dados (Spring Security).
Quais ações / boas práticas posso usar para evitar isso? Não queria criar scripts para mover / fazer backup dos arquivos.
Obrigado!