Já consegui criar. Agora quero inserir arquivos.class e aquivos.jar no
meu arquivo.jar criado (obviamente estes arquivos já estarão em diretórios do sistema). Alguem pode me dar uma mão? :?:
Vê se isso resolve:
jar cvf MyDoc.jar *.class
ele irá colocar todos .class dentro do seu .jar…
Como assim via código? vc tá compilando classes em Run Time e quer gerar um .jar? nem sei se isso é possivel… estou pesquisando…
É possível sim, tanto que o jar(.exe) é feito em Java 
Dê uma olhada nos pacotes java.util.zip e java.util.jar 