Tem como copiar uma pasta inteira para dentro do jar?
Tentei usar o JarOutputStream e nada.
É meio trabalhoso, mas você precisa criar um novo JAR a partir do original, incluindo os arquivos já presentes no JAR original e os novos arquivos que você quer copiar e/ou substituir. O formato JAR (ZIP) não é de acesso aleatório - é um arquivo sequencial, e como todo arquivo sequencial, não admite manipulações “no meio” do arquivo.