Eu copiei uma pasta com vários arquivos pra outra repartição. Quando clico em propriedades em “Tamanho” esta igual e em “Tamanho em disco” esta diferente e agora?
Os dados do(s) arquivo(s) estão no tamanho, não no tamanho em disco. O tamanho em disco leva em consideração tudo que foi feito em cada disco/unidade para armazenar o que você está medindo. Fique tranquilo, pode dormir sossegado 
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tudo que foi feito em cada disco/unidade?
Imagine que você tem duas caixas que tem coisas dentro. Cada uma dessas caixas é um disco.
Agora vc precisa guardar dois brinquedos iguais, que tem dez peças cada um, um conjunto de peças em cada caixa. Vc vai conseguir guardar as dez peças de cada brinquedo em sua respectiva caixa da mesma forma? Não vai. É a mesma coisa com o disco. Não dá para guardar um arquivo exatamente da mesma forma em dois discos, a não ser que eles sejam gerenciados em algum dispositivo de redundância, onde cada bit e sua ordem importa…
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Entendi… Vou continuar sem preocupações.