GUJ,
Tecnicamente, qual a diferença (se é que tem alguma) de usar cookies com javascript ou usar Cookie em java?
acredito que se o valor desse cookie for alterar algo na sua regra de negócio é melhor ficar nos servlets, se for apenas pra trazer algumas informações como o login da pessoa pra mostrar no html, acho que em javascript pode ser uma boa escolha…