Compilação condicional

Boa tarde pessoal. Gostaria de saber se existe uma forma de fazer uma compilação condicional utilizando o Maven.
Explico melhor:
Minha aplicação web irá possuir 2 módulos: Um com as páginas, MBs, BOs e DAOs relacionados, e outro com algumas webservices que serão a via de comunicação de rotinas criadas no Pentaho.

Esses dois módulos seriam compilados separadamente.

O que gostaria de saber é: é possível configurar o Maven para fazer essa compilação?

Por que não projetos distintos?

Iria ter muita duplicação de código e arquivos. Imagina isso em uma manutenção de código grande?

A principal coisa que mudaria, seriam configurações dentro do web.xml. Gostaria de tornar essa compilação condicional, uma coisa mais dinâmica.

[quote=Thiago Siqueira]Iria ter muita duplicação de código e arquivos. Imagina isso em uma manutenção de código grande?

A principal coisa que mudaria, seriam configurações dentro do web.xml. Gostaria de tornar essa compilação condicional, uma coisa mais dinâmica.[/quote]
Duplicação?
Você pode colocar um projeto como dependência do outro, qual tipo de duplicação você teria nesse caso?

[quote=drsmachado][quote=Thiago Siqueira]Iria ter muita duplicação de código e arquivos. Imagina isso em uma manutenção de código grande?

A principal coisa que mudaria, seriam configurações dentro do web.xml. Gostaria de tornar essa compilação condicional, uma coisa mais dinâmica.[/quote]
Duplicação?
Você pode colocar um projeto como dependência do outro, qual tipo de duplicação você teria nesse caso?[/quote]

Concordo com você, seria a melhor saída mesmo, porém o problema é o tempo. Estamos tendo que fazer essa mudança na arquitetura porém o tempo não nos permite reestruturar o projeto.

O que preciso é criar dois profiles no Maven, um que irá compilar o projeto da Maneira A e outro profile que irá compilar o projeto da Maneira B.

A que irá mudar nesse caso, será o arquivo web.xml somente.