Opa 
Posso comparar um array de String usando .toString?
cabecalhoArquivo.toString().equals(cabecalhoLayoutImportacao.toString()É recomandado fazer isso ou preciso percorrer o array mesmo q eu possa ter mais de 1 tipo de cabeçalho?
[]'s
Você precisa percorrer os elementos, já que toString de qualquer array retorna uma string que começa por “[” e termina por “@” mais um número hexadecimal - ou seja, um lixo inútil para você.
Essa string, obviamente, não serve para fazer comparações úteis.