Como o Glassfish localiza o META-INF/persistence.xml?

Olá Pessoal.
Estou tendo um problema com o servidor Glassfish:
Tenho uma WebApplication (.war) A, que utiliza JPA. O persistence.xml está no diretório WEB-INF/classes/META-INF.
Até ai tudo normal.

Porém eu tenho uma WebApplication B, que também tem o seu persistence.xml no seu diretório WEB-INF/classes/META-INF.
O problema é que a aplicação B está enxergando o persistence.xml da aplicação A, ao invés do seu proprio persistence, e com isso não consegue encontrar o contexto de persistencia.

emf = Persistence.createEntityManagerFactory(config);

Ambas são aplicações web padrão, que não utilizam EJB, por isso não estou usando injection (@PersistenceContext).

Alguém já passou por esse problema? Existe alguma solução?