Pesquisa sobre includes no PHP, a maneira correta é você usar o INCLUDE para fatiar sua página e chamar ela delimitado com as TAGS de invocação do php.
OBS: não entendi porque não tem o index.php como principal, geralmente eu crio as páginas na parte principal do projeto, sem pasta de layout nenhuma. Daí criaria uma pasta com nome include e fatiaria as partes que voce quer chamar, inclusive a fatia da HEADER que contem o LINK CSS, para a chamada do CSS.
No seu caso pelo que entendo seria a chamada de CSS da seguinte maneira: