Boas práticas para migrations em banco com multiplos schemas

Pessoal, tudo bom.
Queria tirar um dúvida sobre como controlar a execução de migrations para múltiplos schemas. No caso uso o sequelize e o banco é um mssql server, tenho somente um back que serve a vários clientes e cada cliente tem seu schema no banco. Estou vendo que seria meio complicado de fazer esse controle por migrations e outro ponto nem todos os clientes usam as mesma tabelas.
Desde já agradeço.