O que você quer fazer exatamente? Quando diz “fazer um banco de dados”, a que se refere?
você quer usar um sistema de bancos de dados já existente para armazenar dados (ex: SQLite, Postgree, MySQL) ou;
você quer criar um sistema que grave e leia dados de arquivos simples (ex: txt), como se fosse um banco de dados
Pro segundo caso, você pode usar formatos como xml ou json, e usar bibliotecas para facilitar a leitura e gravação, ou usar serialização e gravar objetos java diretamente em arquivos. Se forem informações simples (ex: sequências de números ou textos), pode simplesmente usar leitura e gravação de arquivos de texto, lendo e gravando linha por linha (ex: Gerando e lendo arquivo txt com java · GitHub e Leitura e Escrita de Arquivos em Java ).
Amigo, sua mensagem não faz muito sentido. O banco de dados usa o Filesystem e a extensão do arquivo de sua informação não tem influência em como o banco armazena internamente. Sugiro estudar/revisar conteúdo sobre fundamentos da computação.
Armazenar arquivos em um banco de dados relacional normalmente não é uma boa ideia, pois você perde praticamente tudo o que o SGBD tem a te oferecer na questão de consultas e desempenho. O normal é armazenar o arquivo no sistema de arquivos do servidor que será mais rápido, além de ser feito para isso e, no banco de dados, armazenar uma referência à aquele arquivo, como, por exemplo, o nome ou caminho absoluto usado para salvá-lo. Ainda, se quiser permitir que os arquivos sejam “consultados”, você pode associar uma série de palavra-chave/hashtags/metadados/etc aos arquivos -isso na tabela que você armazena a referência ao arquivo ou em outra tabela relacionada à tabela de referências-, assim você pode realizar consultas por esses dados.
Não concordo que se assuma que “não é uma boa ideia”. Há prós e contras para ambas as situações.
Se o ficheiro faz parte do detalhe de um registo, então porque não poderá ser um BLOB na BD? Facilita o backup dos dados e não desacopla o ficheiro do seu registo pai.
Se, por outro lado, performance for um problema, podes ter só o caminho do ficheiro num VARCHAR e ter o ficheiro no filesystem. Neste caso, é importante que os mecanismos de backup também cubram a diretoria do filesystem onde estão os ficheiros. E é importante garantir que o nome com que os ficheiros são gravados no filesystem é único.