Assinar xml em lote ou retirar ns2

Boa noite, galera estou desesperado,pois a um bom tempo estou garrdo em um problema com xml da NFe.
E o seguinte,eu gero o XML NFe,assino, so que depois faço um unmarshall do xml para um bem para poder gerar o XML de envio contendo as NFe, e a aqui que tenho o problema,pois no XML fica todo errado,pois na TAG NFe que contem um namespace no documento dela no envNFe nao aparece,tambem na tag da assinatura fica com um prefixo ns2 antes do nome de cada elemento(tag).
Gostaria que alguem me desse uma força, e ve se e possivel assinar as NFe’s dentro do XML de envio ou tirar o ns2 e colocar o namespace onde necessita .
Uso o JAXB para gerar os XML’s .

Você encontrou alguma solução para este caso? Tenho o mesmo problema com o JAXB