Sua aplicação é desktop?
Eu fiz uma coisa parecida pra uma app web, onde eu gerava um jar do meu model (projeto separado) e junto com os beans iam os hbm’s. Aí na minha app web eu programava só o control, e inclusive ficava ali as minhas configuracoes, ou seja, ficavam fora do jar onde estavam os hbm’s e funcionava.
No CLASSPATH você colocou explicitamente o nome dos arquivos ou você indicou apenas o diretorio onde estão os arquivos? O correto é só indicar o diretório.
[Critica construtiva]
Por favor, não use gerundio nestes tipos de frases.
[/Critica construtiva]