Até eu usar o amado e odiado (ao mesmo tempo!) Deploy Tool que vem junto com o J2EE, eu não fazia a menor idéia de o quanto é importante vc ter uma ferramente de apoio para instalar suas aplicações. Desse eu posso falar. Ele vem com o J2EE e dá pra rodar de um executável que fica no $J2EE_HOME/bin/deploytool (ou perto disso, procurem, seus preguiçosos!)
Usei o Deploy Tool para publicar uma aplicação em Servlets/JSP. Como ferramenta, ele é realmente fantástico, porque deixa de lado uma parte importante da cofiguração de uma aplicação web: a configuração do WEB-INF, que além de ser um tanto sacal, pode ser complexa demais para o novato.
Pois bem, o Deploy Tool permite que vc dê um nome à sua aplicação, e vá aos poucos especificando suas partes: toda configuração do web.xml é feita por baixo, sem a manipulação direta, vc pode adicionar bibliotecas (arquivos JAR) que sua aplicação necessita (por exemplo, o driver JDBC), os arquivos JSP usados, etc. Daí vem a parte realmente interessante.
Vc pode configurar EJBs (deixo a alguém mais experiente a explicação disso) e outros serviços usando a JNDI (ingles para Interface de Nomes e Diretorios do Java). Esses serviços ficam disponiveis no servidor e podem ser ate compartilhados por aplicações separadas. O server faz tudo, até permite especificar queries no BD que correspondem a chamadas de métodos do seu bean.
Uma vez que vc tenha o JAR com seu(s) EJB(s) e o WAR com sua aplicação web, o deploy tool cria um arquivo EAR (que chutaria ser o Enterprise Archive) com toda configuração e arquivos dentro, que vc salva onde quiser. Os arquivos EAR são padrão e podem ser instalados em Application Servers independentes, como o JBoss.
Aí vem a parte final: o Deploy Tool é capaz de instalar e desinstalar sua aplicação inteira (coisa que o AppManager do Tomcat não faz direito, obrigando o usuário a deletar os arquivos antigos manualmente) no servidor (geralmente um Catalina interno). Voilá, temos uma aplicação rodando.
No J2EE há muito mais, mas saber da existência deste utilitário, para quem tem uma paciência chinesa ou um micro realmente rápido, é muito útil. Recomendo