Então por que será, a própria sun usa flash player ao invés de applets, se são realmente melhores?
http://java.sun.com/javaee/overview/screencasts.jsp
O que pode ficar melhor que o flash player é o javafx, e novamente, não tem nada haver com applets.
Legal aprendi bastante com esse tópico.
Então quer dizer que, para uma aplicação onde o foco será processamento digital de imagens, seria interessante usar Java FX para fazer a interface já que utilizaria de desenho sobre foto, evidenciamento de algo na imagem e etc?