Eu estava tendo este erro, comecei a ler sobre o mesmo e analisar o sql que o hibernate estava gerando para a alteração.
Eu possuo uma classe Matriz que possui uma coleção de itens na classe ItemMatriz.
O meu mapeamento @OneToMany da classe matriz estava cascadetype.all por que realmente deve ser ! quando eu salvar a Matriz, ela deve salvar também os itens que eu setei.
O meu mapemante @ManyToOne da classe ItemMatriz também estava cascadetype.all (patiada minha) e ai estava dando o problema, pois quando eu alterava o item e tentava salvar, ele tentava cascatear para o pai e apresentava o problema de duas sessões abertas.
Eu alterei o cascade da classe filho e agora está gravando e alterando que é uma maravilha !
