Cara, sei muuuito menos que a maioria dos que postaram aqui.
Realmente estou longe de desenvolvedores como o Luca, e o cv.
(Realmente eu tenho visto muitos posts deles, e com certeza, os caras sabem o que falam x])
Tá. Agora vamos ver se consigo ajudar com o pouco que sei.
Existe um modelo de desenvolvimento, chamado Model-View-Controller. Consiste em construir sua aplicação de modo que uma camada (uma classe) cuide do Modelo, que será como ela acessará os dados (trocando em miúdos, a classe que se conecta e passa/recebe dados do banco), uma classe controller que irá receber os dados inseridos pelo usuário através da camada View, ou as requisições de dados feitas pelo usuário, e que irá repassar esse pedido a classe modelo, fazendo a ponte entre essa e a classe View, que será a classe de visualização, que cuida das janelas e interação com o usuário. Na prática, o Usuário irá “ver” através da classe view; Essa, por sua vez, repassa os dados que o usuário insere para a classe controller, que irá acessar a classe modelo e dizer para ela o que tem q ser feito no nosso banco.
E para a questão de ter que instanciar em algum lugar… talvez vc se depare com o problema de não poder instanciar a classe de acesso ao banco toda vez que você for chamar um método da mesma, pois para isso basta uma instância. Isso, já vou te adiantar, se resolve com a Design pattern Singleton. Tem sobre ela aqui nos artigos da GUJ.
Ah, e acessa o www.jairelton.com. Tem ótimos tutoriais com voz e vídeo sobre tudo isso que você tá procurando.
Bom, sei que é pouco, e não posso garantir que está correto. Mas creito que já te dê um rumo pra onde estudar. Se falei besteira, me corrijam!
E a propósito, dá um pulo no www.netbeans.org e vê os tutoriais; Ajuda muito a entender como desenvolver a parte de GUI e como conectar com o banco… sem fazer nada de errado 
Um grande abraço, espero ter ajudado.
Douglas Vargas