O ejb3.persistence deve ter o mesmo conteúdo do persistence-api.
O que muda mesmo é só quem disponibiliza, pq o conteúdo é o mesmo(digo classes, pacotes, métodos, etc). Lá no maven tem o grupo ‘org.apache.geronimo.specs’ que contém as APIs JEE, já o grupo ‘org.jboss.spec.javax’ tem as mesmas API JEE, a unica diferença é que uma API foi disponibilizada pela Apache e outra pelo JBoss. Tem também o grupo javaee que são as disponibilizadas pela Oracle, e são tudo a mesma API, com nomes diferentes. Algumas com uns ‘pacotão’ com toda especificação JEE e outras com apenas uma parte especifica, como nesse caso ai do JPA.