Joomla é um CMS, não faz nenhum sentido compará-lo à JAVA, que pode ser tanto a linguagem quanto a plataforma.
Uma comparação mais justa é com o Wordpress, outro CMS muito utilizado.
Joomla é desenvolvido em PHP, e nada te impede de desenvolver um CMS em Java.
A questão é, pra que vai utilizar o Joomla?
Se for pra um site, ou blog, tanto o Wordpress quanto o Joomla vão lhe servir muito bom.
Aqui na minha universidade (FURG), os sites são todos desenvolvidos utilizando esse CMS.
Ele é bem seguro, mas acho a customização dele mais chata de fazer em relação ao Wordpress.
Nesse link apresenta algumas diferenças entre o Joomla e o Wordpres: http://www.hostnet.com.br/blog/wordpress-vs-joomla-qual-o-melhor/
Quanto a Joomla x Java, tem nada a ver uma coisa com a outra, já que Java seria a linguagem a ser utilizada para escrever o produto, que é o CMS. Veja uma lista de diversos CMS já produzidos, inclusive em Java:
Mas se me permite a opinião, vá de Wordpress, se optar por uma ferramenta já existente.
É prático, tem milhares de templates (gratuitos e pagos), plugins para quase qualquer funcionalidade que tu precisar…
E atualmente é possível fazer um site com “aparência profissional” sem maiores dificuldades, tanto em Joomla quanto no Wordpress.