OI pessoal.
Estou iniciando o uso do NetBeans com MySQL 5.0 e tenho a mesma duvida apresentada.
Na resposta postada para o SQL server2005 se aplica para o MySQL 5.0?
Sim!
Faça download do drive do JDBC para Mysql:
http://www.mysql.com/products/connector/
Nas propriedades do seu projeto, clique em bibliotecas e adicione o .jar do drive ao projeto.