Cara, tem alguns anos desde que achei este bug, não lembro o que eu estava fazendo.
Eu acho que eu estava usando o initCause em exceções que não recebiam a causa pelo construtor. Mas troquei alguma variável sem querer e saiu isso.
E embora este problema possa parecer ser supérfluo e sem importância, na verdade constitui-se em uma falha de segurança, pois um usuário mal-intencionado pode serializar estas exceções para um servidor. Assim como o bug do Double.parseFloat poderia parecer supérfluo porque nenhum usuário inocente digitaria um valor daquele, há o problema de que alguém mal-intencionado com certeza faria.