A saída do System.out.println invoca o método toString do objeto passado como parâmetro.
Isso implica em, se tratando de um objeto da Classe java.util.Date, ter uma saída como a que você se refere, mas, isso não significa que não seja um objeto de Date.
Aliás, a forma mais adequada de checar é como está fazendo aqui
aluno.setDataMatricula(dataCerta);
Desde que, o método setDataMatricula espere um objeto de java.util.Date.
Uma outra forma é utilizar a comparação com instanceof
if(dataCerta instanceof java.util.Date){
System.out.println("Nada errado aqui");
}
Entendeu?