Temos 2 soluções no Post que você copiou,a minha iria se referir se estivesse retornando 2 consultas diferentes (sem usar ORM como já identificou o Yoshi) e a outra, é a mesma solução que o Yoashi deu, porém invertendo qual lista removia de qual, ou seja, mesmo sendo consultas diferentes as listas estavam referenciandos os mesmos objetos…
Você não deve sobescrever somente o equals mas também o hashCode.
É muito importante entender os conceitos primários de igualdade em Java para podermos seguir adiante e utilizar com mais conforto o JAVA COLLECTIONS FRAMEWORK.
Este slide-show é muito bom e explica bem estes conceitos: