for(int i = 0; i < lineNumber; i++) {
String[] line = new String[lineNumber];
line[i] = myReader.nextLine();
String[] words = new String[lineNumber];
words[i] = line[i].split("\\s*[ ,.;]\\s");
}
A ultima linha dá erro diz que não se pode transformar String[] em String
não dá para fazer array de line e depois fazer array de word para no final ser usada um array[] [] ??
em que line é o numero de linhas e word o numero de colunas
String[] line = new String[lineNumber]; // só queres um array de linhas, declarado fora do for
String[][] words = new String[lineNumber][]; // só queres um array de palavras, declarado fora do for - nota as [] duplas e o tamanho da segunda dimensão ainda é desconhecido
for(int i = 0; i < lineNumber; i++) {
line[i] = myReader.nextLine();
words[i] = line[i].split("\\s*[ ,.;]\\s"); // words[i] recebe agora um array com o tamanho do numero de palavras da linha
}