Oi Luca,
não conheço os produtos que você citou, mas olhei o site do PRTG e apesar do foco dele parecer ser para monitoramento de utilização de banda, li na documentação que você pode adicionar sua própria MIB para ser monitorada por ele, então daria para monitorar desde um App. Server até sua própria aplicação (se você implementar um agente SNMP, é claro).
Não sei quais features ele possui. Se exibe apenas os dados tabulados ou se monta gráficos, permite o recebimento de traps, gera alarmes, etc. Mas isso tudo depende também do que você quer fazer em relação a monitoramento. É para ser uma coisa simpleszinha, um pouquinho melhor do que um log? Ou para colocar em um NOC?
Quanto ao MRTG, é um produto MUITO antigo. Quando eu trabalhei em um provedor (1999), o pessoal utilizava esse produto para gerar as estatísticas de utilização de recursos da rede. Mas acho que não se encaixa numa solução para monitorar software.
Não sei se vocês já tiveram experiência com monitoramento de aplicações (não estou falando de ficar olhando para logs). Mas é uma coisa super interessante para oferecer para clientes e essencial em determinados ambientes. Sem contar que muitos produtos oferecem os recursos (qualquer App. Server por exemplo) e muita gente não faz idéia do tipo de informação que é possível obter através desses recursos.
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Marco Campêlo