Como posso fazer para a aplicação rodar uma função sempre em um determinado horário(por exemplo as 14:00)?
Recomendo que pesquise no fórum antes de abrir um tópico.
Ola Rodrigo,
se for uma aplicação Java standalone você pode utilizar o quartz, se a aplicação for Java web-profile também se encaixa. Aqui tem um post do Paulo Silveira sobre o Quartz que vale a leitura, mas nas docs tem exemplos para a maioria dos casos que você vai aplicar.
Se por acaso não quiser colocar uma biblioteca no classpath da aplicação como o Quartz para um simples agendamento poderia simplesmente fazer apenas com Java Timer
Se for uma app enterprise ou um módulo EJB eu utilizaria o TimerService do EJB veja em post da caelum.
Se quiser fazer isso através do browser, pode usar um JS
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